Nei protozoi ciliati il macronucleo corrisponde al più grande dei due o più nuclei.
Nei protozoi ciliati il macronucleo corrisponde al più grande dei due o più nuclei (l’altro o gli altri si chiamano «micronuclei»). Il macronucleo deriva dal micronucleo diploide, che si replica anche mille volte (condizione poliploide); presenta un numero elevato di nucleoli e le sue dimensioni sono cospicue, poiché può anche raggiungere il millimetro di diametro. Il macronucleo poliploide può essere di due tipi: omomerico, se caratterizzato da una struttura omogenea, o eteromerico, se diviso da una banda di cromatina in due cariomeri (ortomero, ricco di dna, e paramero, povero di dna).
Il micronucleo è il nucleo più piccolo dei protozoi ciliati, che mantiene la capacità di dividersi, andare in meiosi e originare il macronucleo. Nelle piante spesso i micronuclei sono rivestiti da membrana e non danno luogo a fenomeni di condensazione precoce come accade, invece, nelle cellule animali. Durante le divisioni cellulari i micronuclei non possono effettuare delle normali mitosi e si distribuiscono casualmente nelle cellule figlie, conseguentemente essi sono progressivamente diluiti nelle generazioni successive fino a scomparire del tutto anche per effetto della digestione enzimatica.